La Coordinación de Organización Territorial es la responsable de coordinar con los programas de las diferentes Agencias la aplicación en el territorio de los Planes, Programas, Proyectos y Actividades contenidas en el Plan Operativo Anual. La función del Coordinador de la Organización Territorial es apoyar el trabajo de las microcuencas en base a una visión holística que integre las diferentes áreas temáticas. Siendo responsabilidad de los diferentes programas asistir técnicamente a las microcuencas.
El Territorio de manera operativa está dividido en tres Cuencas Bao, Amina y Mao, cuya división corresponde a las cuencas de los ríos que llevan el mismo nombre. Estas cuencas son tributarias del río Yaque del Norte.
Las Cuencas a su vez están divididas en 19 Microcuencas, siendo 10 de ellas clasificadas como prioritarias por su ubicación aguas arriba de los embalses construidos y por construir. Las microcuencas prioritarias por Cuenca es la siguiente: En Cuenca Bao están las Microcuencas Jánico, Media Bao, Media Jagua, Baiguaque y Oeste Guanajuma; en Cuenca Amina están Inoa y Medio Amina y en la Cuenca Mao se encuentran Alta Mao, Media Mao y Bajo Magua. En el mapa adjunto se visualizan todas las Microcuencas prioritarias o no.